一、关于一般纳税人
增值税遵循“征扣一致”的链条抵扣原则，本环节纳税人未缴纳税款，下环节纳税人也不抵扣税款。现行政策规定，一般纳税人发生应税销售行为适用免税规定的，不得开具专用发票，可以开具税率栏标注为“免税”字样的普通发票。针对今年出台的疫情防控增值税免税政策，在遵循增值税发票开具的基本规定的前提下，需要注意以下几个操作层面的问题：
第一，优惠政策出台前已开具的专用发票的处理问题。
2020年2月6日，财政部、税务总局先后制发了《财政部?税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收政策的公告》（2020年第8号，以下称“财税8号公告”）和《财政部?税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关捐赠税收政策的公告》（2020年第9号，以下称“财税9号公告”），出台五项免征增值税政策：
一是对纳税人运输疫情防控重点保障物资取得的收入，免征增值税；
二是对纳税人提供公共交通运输服务取得的收入，免征增值税；
三是对纳税人提供生活服务取得的收入，免征增值税；
四是对纳税人为居民提供必需生活物资快递收派服务取得的收入，免征增值税；
五是对单位和个体工商户将自产、委托加工或购买的货物，通过公益性社会组织和县级以上人民政府及其部门等国家机关，或者直接向承担疫情防治任务的医院，无偿捐赠用于应对新型冠状病毒感染的肺炎疫情的，免征增值税。
由于上述增值税免税政策均追溯至今年1月1日起执行，因此，客观上存在纳税人在公告出台前对可享受免税的业务开具了专用发票。
为确保纳税人更充分、便利地享受政策，税务总局配套制发了《国家税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收征收管理事项的公告》（2020年第4号），一方面重申：免税业务不得开具专用发票；已经开具的专用发票，应当开具对应红字发票或者作废原发票方可享受免征增值税政策；另一方面明确，纳税人在财税8号公告、财税9号公告发布前已经开具的专用发票，按规定应当开具对应红字发票但受疫情影响不能及时开具的，可以先适用免征增值税政策，对应红字发票可于相关免征增值税政策执行到期后1个月内完成开具。如果届时仍未完成对应红字发票开具的，则需要就开具专用发票相应的业务缴纳增值税，其他未开具专用发票收入部分，仍可以按照规定享受免税。
需要强调一点的是，财税8号公告、财税9号公告发布后，一般纳税人若选择了享受免税政策，是不能再开具专用发票的，如果需要开具专用发票，应按照规定放弃免税后方能开具。
第二，关于一般纳税人选择享受减免税的起始时间的问题。
为进一步明确纳税人权利义务，税务总局制发了《国家税务总局关于明确二手车经销等若干增值税征管问题的公告》（2020年第9号），明确一般纳税人可以在增值税免税、减税项目执行期限内，按照纳税申报期选择实际享受该项增值税免税、减税政策的起始时间。
比如说，公共交通运输服务免征增值税这项政策，自2020年1月1日起施行，在这项政策的执行期限内，按月纳税的一般纳税人，可以选择从1月起之后的任一个自然月起始日开始享受；按季纳税的一般纳税人，可以选择从1月起之后的任一个季度起始之日开始享受。如果某一般纳税人选择自2020年4月1日起开始享受这项优惠政策，此前1-3月提供的公共交通运输服务，应当按规定缴纳增值税，同时，1-3月发生的应税业务可以相应开具专用发票和普通发票。在4月1日以后，享受免税的公共交通运输服务，就不能再开具专用发票，但可以开具税率栏标注为“免税”字样的普通发票。
第三，关于放弃免税权的问题。
一般纳税人在实际享受了增值税免税政策后，可以选择放弃免税权，并以书面形式提交放弃免（减）税权声明，报
主管税务机关备案。自提交备案资料的次月起，一般纳税人应就其放弃免税的项目按照规定计算缴纳增值税，并可以按规定开具专用发票。由于增值税一般纳税人实行进销项抵扣的计税方法，出于纳税核算便利性和进项抵扣准确性的考虑，对一般纳税人来说，现行规定是，一经放弃免税，36个月不得变更，且应按照应税项目来放弃免税，而不能以是否开具专用发票，或者区分不同的销售对象分别适用征免税。
比如说，某一般纳税人兼营住宿服务和餐饮服务，在疫情期间均可以适用免征增值税政策，该纳税人可以选择就其提供的所有餐饮服务享受免税，向客户开具税率栏标注为“免税”字样的普通发票；同时就其提供的所有住宿服务放弃免税，向客户开具专用发票。但无论是餐饮服务还是住宿服务，都不能就开具专用发票部分收入缴纳增值税，其他未开具专用开票部分收入享受免税。
二、小规模纳税人发票开具问题
与一般纳税人不同，小规模纳税人适用简易计税方法，直接以销售额乘以征收率计算应纳税额，不得抵扣进项税，也就是说小规模纳税人不存在用免税、征税项目间的进项税额调节问题。所以相较于一般纳税人而言，其在征免税管理、发票开具等方面，政策规定均相对宽松。
主要表现为：小规模纳税人可根据实际业务需要，逐笔选择是否适用减免增值税政策，给了小规模纳税人充分的自由选择权，以灵活应对市场需要。具体到发票开具上，小规模纳税人可根据征免税政策和购买方要求，自行选择开具3%或1%征收率以及征收率栏标注为“免税”的发票；开具增值税专用发票的，需要就该笔业务按照发票上对应的征收率申报缴纳增值税；未开具专用发票且符合减免增值税优惠政策条件的，可以享受相应减免税政策。下面有几点需要注意的事项：
第一，减税、免税发票开具的正确方法。按照《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，纳税人应如实开具发票。小规模纳税人享受免征增值税政策的，不得开具增值税专用发票，只能开具增值税普通发票，并且开具时应当在税率或征收率栏次填写“免税”字样。纳税人享受减按1%征收率征收增值税政策的，在开具增值税专用发票或者普通发票时，应当在税率或征收率栏次填写“1%”字样。在减按1%征收率开具发票方面，税务总局设计开发税控开票软件时，采取了弹窗提示和默认显示调整后的征收率两项措施，以便利纳税人选择正确征收率开具增值税发票。
第二，根据纳税义务发生时间开具正确发票。《财政部?税务总局关于支持个体工商户复工复业增值税政策的公告》（2020年第13号）规定的小规模纳税人减免增值税阶段性政策从3月1日起实施。纳税人是否可以享受减免税政策，如何选择正确的征收率开具发票并计算缴纳增值税，应按照纳税义务发生时间来确定。纳税义务发生时间在2020年2月底之前的业务，是不能享受复工复业增值税减免税政策的，若不符合其他免税优惠政策条件，则必须开具3%或者5%征收率的发票。
第三，开具增值税发票衔接问题。增值税小规模纳税人取得应税销售收入，纳税义务发生时间在2020年2月底以前，已按3%征收率缴纳税款，但未开具发票的，在3月1日以后可以按照3%征收率补开发票。如果纳税义务发生在2月底以前，并且开具了增值税发票，发生销售折让、中止或者退回等情形需要开具红字发票的，则应按照3%征收率开具红字发票；如果开票有误需要重新开具的，应按照3%征收率开具红字发票，再重新开具正确的蓝字发票。
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